Η περιοχή κατοικούνταν από τους ιθαγενείς Αμερικανούς Lenape κατά τη στιγμή της ευρωπαϊκής της ανακάλυψης το 1524 από τον Giovanni da Verrazzano, έναν εξερευνητή της Φλωρεντίας στην υπηρεσία του γαλλικού στέμματος, που την ονόμασε “Nouvelle Angoulême“.
Ο ευρωπαϊκός οικισμός άρχισε με την ίδρυση μιας ολλανδικής εταιρίας εμπορίου γούνας, στο νότιο άκρο του Manhattan το 1614 και στη συνέχεια ονομάστηκε “Nieuw Amsterdam” (Νέο Άμστερνταμ). Ο επικεφαλής της ολλανδικής αποικίας Peter Minuit αγόρασε το νησί του Manhattan από τους Lenape το 1626 προς 60 φιορίνια (περίπου 1000 δολάρια το 2006). Ένας θρύλος λέει ότι το Manhattan αγοράστηκε για γυάλινες χάντρες αξίας $24.
Το 1664, η πόλη παραδόθηκε στην Αγγλία και μετονομάστηκε σε Νέα Υόρκη από τον Άγγλο Δούκα της Υόρκης και του Albany. Στο τέλος του δευτέρου Αγγλο-Ολλανδικού πολέμου, οι Ολλανδοί κέρδισαν τον έλεγχο των νησιών Run σε αντάλλαγμα με τον αγγλικό έλεγχο του New Amsterdam (Νέα Υόρκη) στη Βόρεια Αμερική. Αρκετοί εμφύλιοι πόλεμοι μεταξύ των ιθαγενών της Αμερικής και ορισμένες επιδημίες που προήλθαν από την άφιξη των Ευρωπαίων προκάλεσαν μεγάλη απώλεια πληθυσμού των Lenape μεταξύ των ετών 1660 και 1670. Το 1700, ο πληθυσμός των Lenape είχε μειωθεί σε 200. Το 1702, η πόλη έχασε το 10% του πληθυσμού της με την εξάπλωση του κίτρινου πυρετού. Η πόλη της Νέας Υόρκης υπέστη επτά σημαντικές επιδημίες κίτρινου πυρετού στο διάστημα 1702 – 1800.
Η Νέα Υόρκη αναπτύχθηκε στην ουσία ως εμπορικό λιμάνι, ενώ ήταν υπό βρετανική κατοχή. Η πόλη φιλοξένησε τη δίκη του John Peter Zenger το 1735, συμβάλλοντας στην καθιέρωση της ελευθερίας του Τύπου στη Βόρεια Αμερική. Το 1754, το Columbia University ιδρύθηκε από τον Γεώργιο 2ο της Μεγάλης Βρετανίας ως King’s College στο Lower Manhattan.
Κατά τη διάρκεια της Αμερικανικής Επανάστασης (American Revolution) η μεγαλύτερη μάχη του πολέμου, η μάχη του Long Island, διεξήχθη τον Αύγουστο του 1776 στο σημερινό σύγχρονο δήμο του Brooklyn. Μετά τη μάχη, στην οποία οι Αμερικανοί δρομολόγησαν μία σειρά από μικρότερες δεσμεύσεις, η πόλη έγινε η βρετανική στρατιωτική και πολιτική βάση των επιχειρήσεων στη Βόρεια Αμερική. Η πόλη ήταν ένα λιμάνι για τους πρόσφυγες Loyalist, έως ότου τελείωσε ο πόλεμος το 1783.
Η μόνη προσπάθεια σε μια ειρηνική λύση του πολέμου έλαβε χώρα κατά τη διάσκεψη στη Βουλή για το Staten Island μεταξύ Αμερικανών αντιπροσώπων συμπεριλαμβανομένου και του Benjamin Franklin, και της βρετανικής Lord Howe στις 11 Σεπτέμβρη του 1776. Λίγο μετά τη βρετανική κατοχή άρχισε η μεγάλη πυρκαγιά της Νέας Υόρκης που κατέστρεψε το ένα τέταρτο περίπου των κτιρίων της πόλης, συμπεριλαμβανομένης της εκκλησίας της Αγίας Τριάδος (Trinity Church).
Η συνέλευση του Συνεδρίου της Συνομοσπονδίας (Congress of the Confederation) έκανε τη Νέα Υόρκη εθνική πρωτεύουσα το 1785, λίγο μετά τον πόλεμο. Η Νέα Υόρκη ήταν η τελευταία πρωτεύουσα των ΗΠΑ βάσει των άρθρων της Συνομοσπονδίας και η πρώτη πρωτεύουσα σύμφωνα με το Σύνταγμα των Ηνωμένων Πολιτειών.
Το 1789 ο πρώτος πρόεδρος των Ηνωμένων Πολιτειών, George Washington, εγκαινίασε το πρώτο Κογκρέσο των Ηνωμένων Πολιτειών (United States Congress), το Ανώτατο Δικαστήριο (Supreme Court of the United States) που συνεδρίασε για πρώτη φορά, και τη Διακήρυξη των Δικαιωμάτων των Ηνωμένων Πολιτειών (United States Bill of Rights), όλα στο ομοσπονδιακό κτίριο της Wall Street. Μετά το 1790, η Νέα Υόρκη είχε ξεπεράσει τη Φιλαδέλφεια σε πληθυσμό και είχε γίνει η μεγαλύτερη πόλη στις Ηνωμένες Πολιτείες.
Τον 19ο αιώνα, η πόλη είχε μεταμορφωθεί από τη μετανάστευση και την ανάπτυξη. Ένας οραματιστής πρότεινε για την ανάπτυξη το Σχέδιο των Επιτρόπων του 1811 (Commissioners’ Plan of 1811). Το σχέδιο αυτό επέκτεινε το δίκτυο των δρόμων της πόλης για να συμπεριλάβει το σύνολο του Manhattan, και το 1819 άνοιξε το κανάλι του Erie ώστε να συνδεθεί το λιμάνι του Ατλαντικού με τις απέραντες γεωργικές αγορές του εσωτερικού της Βορείου Αμερικής.
Η τοπική κυβέρνηση έπεσε κάτω από την κυριαρχία των Tammany Hall, μια πολιτική δύναμη που υποστηρίζονταν από τους Ιρλανδούς μετανάστες. Πολλοί εξέχοντες Αμερικανοί λογοτέχνες έζησαν στη Νέα Υόρκη κατά τη δεκαετία του 1830 και 1840, συμπεριλαμβανομένων των William Cullen Bryant, Washington Irving, Herman Melville, Rufus Wilmot Griswold, John Keese, Nathaniel Parker Willis και Edgar Allan Poe.
Τα μέλη της παλαιάς εμπορικής αριστοκρατίας που απασχολούνταν στο δημόσιο, άσκησαν πίεση για τη δημιουργία του Central Park, το οποίο έγινε το πρώτο διαμορφωμένο πάρκο σε αμερικανική πόλη το 1857. Ένας σημαντικός αριθμός ελεύθερου μαύρου πληθυσμού υπήρχε και στο Manhattan και στο Brooklyn.
Οι δούλοι είχαν κρατηθεί στη Νέα Υόρκη έως το 1827, αλλά κατά τη δεκαετία του 1830 η Νέα Υόρκη έγινε το κέντρο της κατάργησης των φυλετικών διακρίσεων του βορρά.
Ο πληθυσμός των μαύρων της Νέας Υόρκης ήταν πάνω από 16.000 το 1840. Η μεγάλη ιρλανδική πείνα έφερε μια μεγάλη εισροή Ιρλανδών μεταναστών, και μέχρι το 1860, ένας στους τέσσερις Νεοϋρκέζους – πάνω από 200.000 – είχε γεννηθεί στην Ιρλανδία.
Ο θυμός της στράτευσης κατά τη διάρκεια του Αμερικανικού Εμφύλιου Πολέμου (American Civil War 1861-1865) οδήγησε το σχέδιο Riots του 1863, σε ένα από τα χειρότερα γεγονότα κοινωνικής αναταραχής στην αμερικανική ιστορία.
Το 1898, η σύγχρονη πόλη της Νέας Υόρκης διαμορφώθηκε με την ενσωμάτωση του Brooklyn (μέχρι τότε ήταν μια ξεχωριστή πόλη), την περιοχή της Νέας Υόρκης (η οποία περιλάμβανε τότε τμήματα του Bronx), την περιοχή του Richmond, και το δυτικό τμήμα της περιοχής του Queens. Το άνοιγμα του μετρό το 1904 βοήθησε να ενώσει τη νέα πόλη.
Σε όλο το πρώτο μισό του 20ου αιώνα, η πόλη έγινε ένα παγκόσμιο κέντρο για τη βιομηχανία, το εμπόριο, και την επικοινωνία. Ωστόσο, η ανάπτυξη αυτή είχε και το κόστος της. Το 1904, το ατμόπλοιο General Slocum έπιασε φωτιά στον ποταμό East River, σκοτώνοντας 1.021 άτομα που ήταν στο σκάφος.
Το 1911, η φωτιά στο Triangle Shirtwaist Factory, ήταν η χειρότερη βιομηχανική καταστροφή της πόλης μέχρι την καταστροφή του Παγκόσμιου Κέντρου Εμπορίου στις 11/9/01 και στοίχισε τη ζωή των 146 εργαζομένων. Το γεγονός αυτό ώθησε σε σημαντικές βελτιώσεις στα πρότυπα για την ασφάλεια των εργοστασίων.
Ο έγχρωμος πληθυσμός της Νέας Υόρκης ήταν 36.620 το 1890. Στη δεκαετία του 1920, η Νέα Υόρκη ήταν ο κύριος προορισμός για τους αφροαμερικανούς κατά τη διάρκεια της μεγάλης μετανάστευσης από τον αμερικανικό νότο. Από το 1916, η Νέα Υόρκη ήταν ο προορισμός για να το μεγαλύτερο πληθυσμό της αφρικανικής διασποράς στη Βόρεια Αμερική.
Η αναγέννηση του Harlem άνθισε κατά την εποχή της ποτοαπαγόρευσης, και συνέπεσε με μια μεγαλύτερη οικονομική άνθηση που είδε στον ορίζοντα την ανάπτυξη με την κατασκευή των ανταγωνιστικών ουρανοξυστών.
Η Νέα Υόρκη έγινε η πιο πυκνοκατοικημένη αστική περιοχή στον κόσμο, στις αρχές του 1920, ξεπερνώντας το Λονδίνο, και η μητροπολιτική περιοχή που ξεπέρασε τα 10 εκατομμύρια κατοίκους στις αρχές του 1930, έγινε η πρώτη μεγαλούπολη στην ανθρώπινη ιστορία. Τα δύσκολα χρόνια της μεγάλης ύφεσης βρήκαν την εκλογή του μεταρρυθμιστή Fiorello LaGuardia ως δήμαρχο και την πτώση των Tammany Hall μετά από ογδόντα χρόνια πολιτικής κυριαρχίας.
Η επιστροφή των βετεράνων από τον 2ο Παγκόσμιο Πόλεμο δημιούργησε μια μεταπολεμική οικονομική άνθηση και την ανάπτυξη μεγάλων εκτάσεων κατοικιών στο ανατολικό Queens. Η Νέα Υόρκη βγήκε αλώβητη από τον πόλεμο ως η κορυφαία πόλη του κόσμου, με τη Wall Street να οδηγεί την Αμερική ως την κυρίαρχη οικονομική δύναμη στον κόσμο.
Η έδρα των Ηνωμένων Εθνών (ολοκληρώθηκε το 1950) τόνισε την πολιτική επιρροή της Νέας Υόρκης, και η άνοδος του αφηρημένου εξπρεσιονισμού στην πόλη της Νέας Υόρκης αντικατέστησε το Παρίσι ως το κέντρο της τέχνης του κόσμου.
Στη δεκαετία του 1960, η Νέα Υόρκη άρχισε να υποφέρει από οικονομικά προβλήματα και αυξανόμενη εγκληματικότητα. Ενώ μια αναβίωση του κλάδου της οικονομίας βελτίωσε σημαντικά την οικονομική κατάσταση της πόλης, στη δεκαετία του 1980 το ποσοστό εγκληματικότητας της Νέας Υόρκης συνέχισε μια απότομη άνοδο στα μέσα της δεκαετίας και στις αρχές της δεκαετίας του 1990.
Από το 1990 και έπειτα, τα ποσοστά της εγκληματικότητας άρχισαν να πέφτουν δραματικά λόγω της αυξημένης παρουσίας της αστυνομίας. Σημαντικοί νέοι τομείς, όπως η Silicon Alley, εμφανίστηκαν στην οικονομία της πόλης και ο πληθυσμός της Νέας Υόρκης έφτασε στα υψηλότερα επίπεδα όλων των εποχών σύμφωνα με την απογραφή του 2000.
Η πόλη της Νέα Υόρκης συνταράχθηκε με τις επιθέσεις στις 11ης Σεπτεμβρίου του 2001, όταν περίπου 3.000 άνθρωποι έχασαν τη ζωή τους στην καταστροφή του Παγκόσμιου Κέντρου Εμπορίου. Ένας νέος πύργος με όνομα 1 World Trade Center (παλαιότερα γνωστός ως Freedom Tower), και άλλοι τρεις πύργοι γραφείων, χτίζονται στην περιοχή της καταστροφής και έχουν προγραμματιστεί να ολοκληρωθούν έως το 2013.
