Από την ενοποίηση της, το 1898, η Νέα Υόρκη έχει ένα μητροπολιτικό δήμο με μια «ισχυρή» μορφή κυβέρνησης που αποτελείται από τον δήμαρχο και το συμβούλιο. Η κυβέρνηση της Νέας Υόρκης είναι πιο συγκεντρωτική από αυτή των περισσότερων άλλων πόλεων των ΗΠΑ.
Στη Νέα Υόρκη, η κεντρική κυβέρνηση είναι υπεύθυνη για τη δημόσια παιδεία, τα σωφρονιστικά ιδρύματα, τις βιβλιοθήκες, τη δημόσια ασφάλεια, τις εγκαταστάσεις ψυχαγωγίας, της αποχέτευσης, της ύδρευσης και τις υπηρεσίες πρόνοιας. Ο δήμαρχος και οι σύμβουλοι εκλέγονται για τετραετή θητεία. Το συμβούλιο της πόλης της Νέας Υόρκης είναι ένα νομοθετικό σώμα που αποτελείται από 51 μέλη των οποίων οι περιοχές ορίζονται από τα γεωγραφικά όρια του πληθυσμού.
Ο δήμαρχος και οι σύμβουλοι μπορούν να εκλεγούν το πολύ σε σε τρεις διαδοχικές τετραετείς θητείες, αλλά μπορεί να εκλεγούν και πάλι μετά από ένα διάλειμμα τεσσάρων ετών.
Ο σημερινός δήμαρχος είναι ο Eric Adams, ένας δημοκράτης, ο οποίος ανέλαβε καθήκοντα την 1η Ιανουαρίου 2022. Κάθε δημαρχιακή θητεία διαρκεί τέσσερα χρόνια, με όριο τρεις συνεχόμενες θητείες.
Το Δημοκρατικό Κόμμα κατέχει την πλειοψηφία των δημόσιων υπηρεσιών. Από το Νοέμβριο του 2008, το 67% των εγγεγραμμένων ψηφοφόρων στην πόλη είναι Δημοκράτες. Η Νέα Υόρκη δεν έχει δει ρεπουμπλικανό σε πολιτειακές ή προεδρικές εκλογές από το 1924.
Μετά την οικονομική κρίση και την κατάσταση διάσωσης το 1975, δημιουργήθηκε το Διοικητικό Συμβούλιο Δημοσιονομικού Ελέγχου της Νέας Υόρκης με σκοπό να επιβλέψει τις δημοτικές δαπάνες. Ο Δήμαρχος της πόλης της Νέας Υόρκης και ο Κυβερνήτης της Πολειτείας της Νέας Υόρκης και οι δύο υπηρετούν σε ένα επταμελές διοικητικό συμβούλιο. Ενώ η άμεση διαχείριση του προϋπολογισμού της πόλης έληξε το 1986, το διοικητικό συμβούλιο εξακολουθεί να παρακολουθεί την οικονομική υγεία της πόλης.
Η Νέα Υόρκη είναι η σημαντικότερη πηγή των πολιτικών εισφορών στις Ηνωμένες Πολιτείες, καθώς τέσσερις από τους πέντε κορυφαίους ταχυδρομικούς κώδικες των Η.Π.Α. για τις πολιτικές εισφορές βρίσκονται στο Manhattan. Ο κορυφαίος Τ.Κ. 10021 είναι στο Upper East Side, όπου απέδωσε τα περισσότερα χρήματα για το 2004 στις προεδρικές εκστρατείες του George W. Bush και του John Kerry.
Η πόλη έχει μια ισχυρή ανισορροπία των πληρωμών με τις εθνικές και πολιτειακές κυβερνήσεις. Λαμβάνει 83 σεντς σε υπηρεσίες για κάθε $1 που στέλνει στην ομοσπονδιακή κυβέρνηση σε φόρους (ή στέλνει κάθε χρόνο 11,4 δισεκατομμύρια δολάρια περισσότερα από ό, τι παίρνει πίσω). Η πόλη στέλνει επίσης επιπλέον 11 δισεκατομμύρια δολάρια περισσότερα κάθε χρόνο στην πολιτεία της Νέας Υόρκης από ό, τι παίρνει πίσω.
Το Manhattan φιλοξενεί το δευτεροβάθμιο Ανώτατο Δικαστήριο τμήμα Α’, ενώ το Brooklyn φιλοξενεί το δευτεροβάθμιο δικαιοδοτικό τμήμα B’.
To Ομοσπονδιακό Δικαστήριο που βρίσκεται κοντά στο δημαρχείο περιλαμβάνει το Επαρχιακό Δικαστήριο για τη νότια περιφέρεια της Νέας Υόρκης, τοΕφετείο για την Δεύτερη Περιφέρεια, καθώς και το Συνέδριο του Διεθνούς Εμπορίου. Το Brooklynφιλοξενεί το Επαρχιακό Δικαστήριο για την ανατολική περιφέρεια της Νέας Υόρκης.
