Το New York Hall of Science ιδρύθηκε το 1964 ως μέρος της Παγκόσμιας Έκθεσης στο Flushing Meadows Corona Park στο δήμο του Queens, στη διεύθυνση 47-01 111th St, Corona, και εκείνη την εποχή, ήταν ένα από τα ελάχιστα μουσεία επιστήμης που υπήρχαν.
Σε αντίθεση με πολλά άλλα ιδρύματα, τα οποία είχαν κλείσει αμέσως ή λίγο μετά την έκθεση, το NYSCI παρέμεινε ανοιχτό και υπηρέτησε ως χώρος επιμόρφωσης των μαθητών μέχρι το 1979, όταν έκλεισε για ανακαίνιση μεγάλης κλίμακας.
Η πόλη της Νέας Υόρκης προσέλαβε το φυσικό Alan Friedman το 1984 για να βοηθήσει στην ανακαίνιση του NYSCI. Επέβλεψε την αλλαγή εστιάζοντας στην επιστημονική φαντασία ώστε να έχει ενδιαφέρον στους καθημερινούς ανθρώπους.
Το 1986, το NYSCI άνοιξε και πάλι, δίνοντας πίσω στη Νέα Υόρκη το μουσείο επιστήμης της. Τα σχέδια για την δημιουργία ενός ατόμου πραγματοποιήθηκαν ως μέρος μιας επέκτασης και ανακαίνισης 400.000$ στο NYSCI.
Η ανάπτυξη και η ικανότητα του NYSCI στην προσέλκυση του κόσμου ήταν απροσδόκητη και οδήγησε στην επιδίωξη περισσότερων κεφαλαίων και επεκτάσεων.
Κατά τη στιγμή της επαναλειτουργίας του, το NYSCI ήταν μοναδικό στο ότι παρείχε ένα πρόγραμμα κατάρτισης για τους επιστήμονες που θα μπορούσαν στη συνέχεια να πάνε να σπουδάσουν στο κοντινό Queens College στα πλαίσια ενός προγράμματος απαλλαγής από τα δίδακτρα στο με αντάλλαγμα την τουλάχιστον δύο χρόνια διδασκαλία στα σχολεία της πόλης που χρειάζονταν εκπαιδευτικοί επιστήμης.
Ο ρόλος στη ζωή των μαθητών της πόλης του NYSCI συνεχίστηκε, και, το 1991, ανακοίνωσε τα σχέδιά του για μία δεκαετή, 80 εκατομμυρίων δολαρίων, ανακαίνιση και επέκταση ώστε να είναι σε θέση να καλύψει τις ανάγκες ενός αυξανόμενου κοινού επισκεπτών.
Η περαιτέρω επέκταση, η οποία περιελάμβανε μια νέα είσοδο, μια τραπεζαρία και μια παιδική χαρά επιστήμης ξεκίνησε το 1996, γεγονός που αντανακλούσε την ανάγκη για συνεχή ενημέρωση στα μουσεία επιστήμης ώστε να κρατήσουν τα εκθέματα ενήμερα.
Σε αναγνώριση της συνεχούς αναβάθμισης του, η πόλη της Νέας Υόρκης χορήγησε στο NYSCI τον τίτλο του πολιτιστικού θεσμού, μια διάκριση που δίνεται μόνο σε περιορισμένο αριθμό οργανισμών.
Το 1999, το NYSCI προώθησε τα σχέδια για την ανάπτυξη μέσω του διπλασιασμού του εκθεσιακού χώρου και την αποκατάσταση των διάσημων ρουκετών, που είχαν αρχικά γίνει δωρεά από το Διαστημικό Πρόγραμμα για την παγκόσμια έκθεση.
Περισσότερα από 450 εκθέματα που εξερευνούν τη βιολογία, τη χημεία και τη φυσική. Το NYCSI εξυπηρετεί πάνω από 500.000 επισκέπτες κάθε χρόνο, με επιπλέον 50.000 που συμμετέχουν εκτός των εγκαταστάσεων και σχολικά προγράμματα.